百日咳主要通过抗生素治疗来控制病程，首选红霉素，一般用药后1-2周症状会逐渐缓解。
抗生素治疗选择
大环内酯类抗生素： 红霉素是治疗百日咳的常用药物，它能抑制百日咳杆菌的生长繁殖。另外，阿奇霉素也可用于百日咳的治疗，对百日咳杆菌有较好的抗菌活性。特殊人群用药： 对于婴儿等特殊人群，使用抗生素时需格外谨慎，要严格遵循医生的指导。因为婴儿的肝肾功能尚未发育完善，药物代谢能力较弱，医生会根据婴儿的体重等情况来选择合适的抗生素及调整剂量。
对症支持治疗
保持呼吸道通畅： 当患者出现咳嗽咳痰时，要帮助患者翻身、拍背，促进痰液排出。对于咳嗽剧烈的患儿，可适当使用祛痰药物，如氨溴索等，以缓解咳嗽带来的不适，保持呼吸道的通畅，防止痰液堵塞气道引起窒息等严重并发症。营养支持： 由于百日咳患者尤其是儿童在剧烈咳嗽期间可能会影响进食，需要保证充足的营养摄入。要提供富含蛋白质、维生素等营养丰富的食物，保证热量供应。对于无法正常进食的患儿，可能需要通过鼻饲等方式来补充营养，以维持身体的正常代谢和恢复。
隔离与防护措施
隔离传染源： 百日咳具有传染性，患者需要进行隔离治疗，一般隔离时间至少要从发病开始算7周左右，或者直到出现痉咳症状后3周。这样可以避免将病菌传播给他人，尤其是易感染的儿童等人群。保护易感人群： 与百日咳患者密切接触的易感人群，如儿童等，可考虑使用被动免疫的方法，如注射百日咳免疫球蛋白等。同时，未接种过百日咳疫苗或疫苗接种不全的儿童，要及时补种疫苗，提高自身的免疫力，预防感染百日咳。