眼皮底下长小水泡可能是以下因素导致：
一、感染疱疹病毒：眼皮底下长小水泡常常是疱疹病毒感染引起。其中单纯疱疹病毒和水痘带状疱疹病毒在疱疹病毒感染中较为常见。感染后可在医生指导下使用阿昔洛韦乳膏等进行治疗。同时要注意不可用手挤压，以免引发细菌感染。此外，疱疹病毒感染可能在抵抗力下降时复发，且通常难以彻底治愈，患者可遵医嘱使用增强抵抗力的药物，如转移因子口服液等，以提升自身抵抗力。
二、眼睑结膜滤泡：各种结膜炎中可见眼睑结膜滤泡，滤泡主要是因炎症刺激而产生。患者会表现出眼睛有异物感、眼干、眼痒等症状，进而导致眼皮底下长出小水泡。
三、睑板腺管堵塞：若眼皮底下长小水泡，也可能是睑板腺管堵塞所致。一般表现为透明或浅黄色水泡，通常无明显眼部不适，部分患者可能会有轻微异物感，需要及时进行检查。
总之，导致眼皮底下长小水泡的原因较多，需要及时前往医院检查，明确诊断后及时进行治疗。