大肠菌群超标主要有两大危害：一是可能引起各种肠道内外的感染症状，如大肠杆菌的肠道内感染等；二是可能影响消化功能。其发病原因多为不洁食物以及手部接触后进入口腔。
一、大肠杆菌肠道内感染会引发急性肠胃炎，主要症状为腹痛、腹泻等，这是因为部分血清型大肠杆菌可导致人类腹泻。对于这类腹泻可服用止泻药物，但止泻效果因个体差异而有所不同，不过大肠杆菌性腹泻通常具有自愈性，一般2至3天后症状会逐渐消失。而若是大肠杆菌在肠道外发生感染，还有可能引起泌尿系统感染，像膀胱炎、尿道炎等，此时建议患者在医生指导下口服抗生素进行抗菌治疗。
二、大肠菌群超标还会影响消化功能，比如导致消化不良等，主要原因是其破坏了肠道菌群的平衡。对此，建议可以补充一些益生菌类产品来进行调理。
总之，大肠菌群超标会带来多种危害，应注意饮食卫生等以避免感染。