新生儿低血糖症可能会遗留神经系统方面的问题。一般来说，若新生儿低血糖持续时间较长，比如超过72小时，就较容易出现遗留症。
神经系统方面的遗留症
智力发育迟缓： 如果新生儿低血糖没有得到及时纠正，长时间的低血糖状态可能影响大脑的正常发育，导致智力发育速度减慢，可能比正常新生儿在认知、学习等方面的进展落后。研究发现，严重且持续时间较长的低血糖新生儿，约有一定比例会出现智力发育迟缓的情况。运动功能障碍： 低血糖可能影响神经系统中控制运动的部分，使得新生儿在运动能力发展上受限。比如在抬头、翻身、坐立、行走等大运动发育以及精细运动发育方面，可能落后于正常新生儿。部分患儿可能会出现肌肉张力异常，如肌张力低下或增高，影响正常的运动协调。
认知行为方面的遗留症
注意力不集中： 低血糖对大脑神经细胞的损伤可能波及与注意力相关的脑区，导致新生儿在成长过程中出现注意力不集中的情况，在学习和日常生活中难以长时间保持专注。情绪行为异常： 由于大脑发育受影响，新生儿可能出现情绪行为方面的改变，比如更容易烦躁、哭闹不安，或者出现抑郁倾向等异常情绪表现，与正常新生儿的情绪状态有明显差异。
对视觉系统的潜在影响
视力损害： 有研究表明，严重低血糖的新生儿可能会出现视力方面的问题，如视力下降、视觉感知异常等。这是因为低血糖影响了眼部相关神经的正常功能，进而对视觉发育造成不良影响。不过相对来说，视觉系统受低血糖遗留症影响的情况相对神经系统方面要少一些，但也不能忽视。