新生儿拉肚子通常由消化不良、肠道菌群失调、肠炎等原因引起，应根据具体原因在医生指导下进行用药治疗，具体如下：
一、消化不良：新生儿消化功能较弱，易出现消化不良而导致拉肚子。可使用以下药物治疗：
1.四磨汤口服液：能顺气降逆、消积止痛等。
2.蒙脱石散：有收敛止泻的作用。
3.双歧杆菌：可调节肠道菌群。
二、肠道菌群失调：肠道内有害细菌增多可能引发拉肚子，可采用如下药物：
1.益生菌，如布拉氏酵母菌：有助于调节肠道菌群平衡。
2.枯草杆菌二联活菌颗粒：可改善肠道微生态。同时结合蒙脱石散止泻。
三、肠炎：肠道遭受细菌感染会引起拉肚子，治疗药物包括：
1.头孢克洛颗粒：起到抗菌消炎的作用。
2.蒙脱石散：帮助止泻。
3.布拉氏酵母菌：调节肠道功能。若腹泻较为严重，还需静脉滴注葡萄糖、氯化钾等，以防止脱水和电解质紊乱。
总之，新生儿拉肚子不可自行随意用药，一定要在医生的指导下合理选择和使用药物，以确保治疗的安全性和有效性。同时要密切观察新生儿的状况，如有异常应及时就医。