肝内胆管结石的治疗需根据病情而定，对于无症状的肝内胆管结石，一般建议定期复查，每6~12个月进行一次腹部B超检查，观察结石变化情况。而有症状或出现并发症的肝内胆管结石则需要积极治疗。
药物治疗辅助
消炎利胆药物：当肝内胆管结石引起胆管炎症时，可使用消炎利胆片等药物，起到一定的消炎利胆作用，缓解胆管的炎症反应，但它不能直接去除结石。熊去氧胆酸：可以通过抑制胆固醇的合成，增加胆汁中胆固醇的排泄，从而溶解部分胆固醇结石，但对肝内胆管结石的溶解效果有限，而且一般需要较长时间服用，通常需连续服用6~24个月。
手术治疗方式
肝部分切除术：如果肝内胆管结石局限于某一叶的肝组织，且该部分肝组织已经发生萎缩、纤维化，影响肝脏功能，就可以考虑行肝部分切除术，将含有结石的病肝组织切除。例如，左外叶肝内胆管结石伴有左外叶萎缩，就可选择左外叶切除术。胆肠吻合术：对于肝内胆管结石合并胆管狭窄的患者，可能需要行胆肠吻合术，通过建立胆管与肠道的通道，引流胆汁，防止结石再次堆积。但这种手术可能会带来胆汁反流等并发症风险。
微创治疗手段
经内镜逆行胰胆管造影（ERCP）：对于肝内外胆管结石，尤其是胆总管结石，可以通过ERCP技术，利用十二指肠镜找到胆管开口，插入导管至胆管内，取出结石或放置支架引流胆汁。但对于肝内较深部位的结石，ERCP的治疗效果有限。腹腔镜胆总管探查取石术：如果肝内胆管结石合并胆总管结石，可通过腹腔镜进行胆总管探查取石，同时可放置T管引流，术后根据情况拔除T管。这种手术创伤相对传统开腹手术较小，恢复较快。