舌头下面起透明小水泡，可能是黏液腺囊肿。其原因及治疗方法如下：
1.咬伤：舌头下面的黏膜比较脆弱，不小心咬伤后可能会形成创伤性溃疡，若此时创口受到了黏液腺的分泌刺激，就可能会导致小腺体破裂，形成黏液腺囊肿。
2.局部刺激：长期的机械刺激或不良修复体等都可能导致舌头下面的黏液腺导管受损，黏液外漏，从而形成潴留性囊肿。
3.感染：如果黏液腺囊肿发生了感染，就可能会出现红肿、疼痛等症状。
4.其他：导管系统堵塞、先天性发育异常等也可能导致黏液腺囊肿的形成。
对于较小的黏液腺囊肿，一般不需要特殊处理，可以自行消退。如果囊肿较大，影响了正常的生活，可以通过手术切除的方法进行治疗。此外，还可以通过激光、冷冻等方法进行治疗。
需要注意的是，舌头下面起透明小水泡还可能是其他原因引起的，如口腔黏膜疱疮、手足口病等。如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确诊断后进行治疗。同时，要注意保持口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物。