灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来改善。外用药物方面，像阿莫罗芬搽剂就比较常用，它每周使用1-2次，坚持使用有一定效果，但可能需要连续使用几个月。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 属于局部抗真菌药物，能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后涂抹在病甲上，每周使用1 - 2次，不过一般需要连续使用数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏： 也是外用抗真菌药，可改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌代谢过程。使用时均匀涂抹在病甲及周围皮肤，一天使用1 - 2次。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种广谱抗真菌药物，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，干扰真菌麦角固醇的合成。采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。但使用前需要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响。特比萘芬： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程中的重要环节。通常每天口服一次，连续服用12周 - 16周，同样使用前要关注肝功能情况。
手术治疗
拔甲术： 对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。不过拔甲后新长出来的指甲刚开始可能外观不太好，而且拔甲过程会有一定痛苦，术后还需要配合抗真菌药物治疗，防止复发。一般拔甲后需要定期换药，让新甲慢慢生长。激光治疗： 利用激光的光热效应破坏真菌。激光治疗相对痛苦较小，不需要像拔甲那样有创伤，但可能需要多次治疗才能达到理想效果，而且费用相对较高。