囊肿型痘痘可以通过一般治疗、药物治疗、物理治疗等方法来改善。一般来说，轻度的囊肿型痘痘经过规范治疗，几周内可能会有明显改善，而较严重的可能需要数周甚至数月的治疗。
一般治疗
皮肤清洁： 每天用温和的洁面产品清洁面部2次左右，去除皮肤表面的油脂、污垢，但要注意不要过度清洁，以免破坏皮肤屏障。比如选择含有氨基酸成分的洁面产品，其刺激性较小。饮食调整： 减少高糖、高脂肪食物的摄入，像蛋糕、油炸食品等。同时，要多吃蔬菜水果，保持饮食均衡。一般建议每天摄入蔬菜300~500克，水果200~350克。
药物治疗
外用药物： 可以使用过氧苯甲酰凝胶，它能够缓慢释放出新生态氧和苯甲酸，具有杀灭痤疮丙酸杆菌、抗炎的作用。还有维A酸类药物，如阿达帕林凝胶，能调节毛囊皮脂腺导管角化、溶解微粉刺和粉刺，但使用初期可能会有轻度刺激反应，如局部红斑、脱屑，需低浓度起始使用。口服药物： 对于炎症较明显的囊肿型痘痘，可口服抗生素，如四环素类的米诺环素，但要注意8岁以下儿童禁用四环素类药物。另外，异维A酸也可用于严重的囊肿型痘痘，但它有一定的副作用，如可能导致皮肤干燥、血脂升高等，使用前需进行相关检查，且育龄期男女服药期间需严格避孕。
物理治疗
红蓝光治疗： 红光可以穿透到皮肤深层，改善血液循环，促进细胞新陈代谢；蓝光能杀灭痤疮丙酸杆菌。一般需要多次治疗，通常每周1~2次，一个疗程可能需要10次左右。光动力治疗： 是将光敏剂注射到皮肤内，然后用特定波长的光照射，使皮脂腺萎缩，杀灭痤疮丙酸杆菌。治疗后皮肤可能会有轻度红肿，一般1~2天会消退，需要根据病情安排治疗次数。