新生儿腹泻的原因较多，其中喂养不当较为常见。比如人工喂养的新生儿，若奶粉冲泡浓度不合适，过浓或过稀都可能引发腹泻，大约有20%左右的新生儿因奶粉冲泡问题出现腹泻情况。
一、喂养因素
母乳喂养不当： 妈妈饮食结构不合理是常见原因之一。如果妈妈吃了过多辛辣、油腻或者生冷的食物，这些成分可能通过乳汁影响新生儿，导致新生儿肠道功能紊乱引发腹泻。比如妈妈连续2 - 3天大量食用辣椒，新生儿就可能出现腹泻症状。配方奶喂养问题： 除了冲泡浓度，奶粉过敏也会导致新生儿腹泻。有些新生儿对奶粉中的蛋白质过敏，食用后肠道会出现免疫反应，表现为腹泻，同时可能伴有皮疹等其他过敏症状。
二、感染因素
病毒感染： 轮状病毒是常见的引起新生儿腹泻的病毒之一。新生儿接触到轮状病毒后，一般在1 - 3天内可能出现腹泻症状，大便多为水样或蛋花汤样。细菌感染： 如大肠杆菌感染也会导致新生儿腹泻。新生儿如果接触了被大肠杆菌污染的物品后入口，就可能引发肠道细菌感染，出现腹泻，同时可能伴有发热等症状。
三、消化系统发育不成熟
新生儿的消化系统还处于发育阶段，胃肠道的消化酶分泌不足，消化功能比较薄弱。比如出生后前几个月，新生儿肠道内的乳糖酶活性相对较低，若喂养含乳糖的食物，部分新生儿不能很好地消化乳糖，就容易出现乳糖不耐受性腹泻，大约有10% - 15%的新生儿存在乳糖不耐受情况，表现为腹泻、腹胀等。