口腔粘膜病的治疗方法需根据具体病症而定。一般来说，不同类型的口腔粘膜病治疗方式有差异。比如复发性阿弗他溃疡，轻度的可局部使用含漱剂，像0.1%依沙吖啶溶液，能起到清洁、杀菌作用，促进愈合；而对于扁平苔藓这类疾病，可能需要根据病情严重程度，考虑使用免疫调节类药物等。
局部治疗为主的情况
药物含漱： 像氯己定含漱液，可用于多种口腔粘膜炎症的辅助治疗，能抑制细菌生长。一般每天含漱2 - 3次，每次含漱1分钟左右。局部涂抹： 对于一些口腔溃疡，可使用冰硼散等药物涂抹在患处，有消肿止痛、促进愈合的作用。
全身用药的情况
免疫调节药物： 当口腔粘膜病与免疫因素密切相关时，可能会用到免疫抑制剂，如硫唑嘌呤。但这类药物使用需谨慎，因为可能会有一些副作用，比如抑制骨髓造血功能等，用药期间需要定期监测血常规等指标。维生素补充： 对于一些因维生素缺乏引起的口腔粘膜病，如维生素B2缺乏导致的口角炎等，可补充维生素B2，一般成人每天补充量在5 - 10毫克左右，但需在医生指导下使用。
针对不同病症的特殊处理
疱疹性口炎： 如果是疱疹性口炎，由单纯疱疹病毒引起，可使用抗病毒药物，如阿昔洛韦，但主要也是局部用药配合全身用药。局部可使用阿昔洛韦软膏涂抹，全身用药时需根据患者情况，一般用药疗程等需遵医嘱。天疱疮等重症： 对于天疱疮这类重症口腔粘膜病，可能需要使用糖皮质激素等强效药物，如泼尼松，但使用过程中要密切关注药物的副作用，像可能导致骨质疏松、血糖升高等问题，需要定期检查相关指标，并在医生的严格监控下调整用药。