宫颈柱状上皮异位是否会肚子痛需依具体情况判断。若为生理性通常不会肚子痛，若为病理性则可能肚子痛。
一、生理性宫颈柱状上皮异位：这是较为常见的生理现象，患者一般无明显自觉症状，或仅有白带略增多情况，不会有明显不适，也不会导致肚子痛。
二、病理性宫颈柱状上皮异位肚子疼：主要出现在重度宫颈柱状上皮异位患者中，往往是诱发了宫颈炎，未及时治疗使炎症上行感染至盆腔，从而引发盆腔炎症性疾病，会有小腹胀痛、腰骶酸痛等现象。
若宫颈柱状上皮异位出现肚子疼痛情况，应及时到院就医，尽早查明原因，在医生指导下进行针对性治疗，以防病情加重。
总之，对于宫颈柱状上皮异位伴有肚子痛的情况，要及时重视并妥善处理。