脑干损伤的治疗需要综合多方面措施。一般来说，脑干损伤的治疗通常需要数周甚至数月的时间来促进恢复。
急救与初期处理
保持呼吸道通畅： 脑干损伤患者常伴有意识障碍，容易出现呼吸道梗阻。应及时清除口腔分泌物、呕吐物等，必要时进行气管插管或气管切开，以保证患者有足够的氧气供应。一般在患者出现明显呼吸困难或血氧饱和度持续下降时，就要考虑进行气管切开等操作。维持生命体征稳定： 密切监测患者的血压、心率、呼吸、体温等生命体征。如果出现血压波动，需要及时调整补液量和使用血管活性药物来维持血压稳定；对于心率失常，要根据具体情况进行相应处理；如果体温升高，可能需要采取物理降温或药物降温等措施来控制体温。
药物治疗辅助
神经营养药物： 常用的有胞磷胆碱钠，它可以改善脑组织的代谢，促进神经细胞的修复和再生。还有神经节苷脂，能参与神经细胞膜的合成、维持细胞膜的稳定性，对神经功能的恢复有一定帮助。减轻脑水肿药物： 如甘露醇，通过快速静脉滴注可以迅速提高血浆渗透压，使脑组织中的水分进入血管内，从而减轻脑水肿。一般根据患者的颅内压情况，每4-6小时可重复使用甘露醇，但要注意监测患者的肾功能等指标，避免长期大量使用导致肾功能损害。
康复治疗阶段
高压氧治疗： 高压氧可以提高血氧分压，增加脑组织的氧含量，改善脑组织的缺氧状态，促进神经细胞的修复和再生。一般需要进行多个疗程的治疗，通常每周进行5次左右，持续数周甚至数月。康复训练： 包括肢体的被动运动、针灸理疗等。对于有肢体瘫痪的患者，早期进行被动运动可以预防肌肉萎缩和关节僵硬，每天需要进行数次，每次约15-30分钟。针灸可以选择相关的穴位来促进神经功能的恢复，理疗则可以采用电刺激等方法来辅助肌肉的收缩和神经功能的重建。