三个月的婴儿流口水通常是正常的生理现象，主要是因为这个阶段婴儿的唾液腺开始发育，但吞咽功能还不完善，大约有80%左右的三个月婴儿会出现流口水情况。
生理发育阶段导致
唾液腺发育： 婴儿在3 - 4个月时，唾液腺逐渐发育成熟，唾液分泌量开始增多。这是身体正常的生长发育过程，就像婴儿到了一定阶段会开始长牙一样，唾液腺发育也是一个自然的生理变化。吞咽功能不完善： 三个月的婴儿吞咽功能还没有发育完全，不能及时吞咽过多分泌的唾液，所以就会出现流口水的情况。他们还不能像大一点的孩子那样很好地控制唾液的吞咽动作，导致口水经常流出。
出牙期的影响
出牙刺激： 一般婴儿在4 - 6个月左右开始出牙，但部分三个月的婴儿可能因为个体差异，出牙准备期会刺激唾液分泌增多。出牙时牙龈会有不适，会反射性地引起唾液分泌增加，进而导致流口水。不过也有少数婴儿可能在三个月时就开始有出牙前的唾液分泌增多表现。
口腔局部因素
口腔结构特点： 三个月婴儿的口腔相对较浅，口腔容量小，储存唾液的能力有限。当唾液分泌量稍有增加时，就容易出现流口水的情况。而且婴儿的口腔黏膜比较娇嫩，一些轻微的刺激也可能引起唾液分泌增多。口腔炎症潜在可能： 虽然三个月婴儿口腔炎症相对较少，但如果有局部的轻微感染等情况，也可能刺激唾液分泌。不过这种情况相对较少见，更多还是前面说的生理因素导致。
外界环境等其他因素
温度影响： 如果外界环境温度较高，可能会刺激婴儿唾液腺分泌增加，从而导致流口水。当然这种情况一般是比较次要的因素，主要还是生理发育等内在因素为主。食物刺激： 如果给婴儿喂了一些稍微偏甜等有刺激唾液分泌的食物（虽然三个月婴儿主要还是母乳或配方奶喂养），也可能短时间内引起唾液分泌增多，但这不是主要的长期流口水原因。