咳嗽、头疼、发烧可能是由上呼吸道感染、下呼吸道感染等引起，但也需排查有无其他合并症，具体原因需结合自身情况分析，出现不适症状应及时就医。以下是具体阐述：
一、上呼吸道感染：
1.当病原体侵犯机体上呼吸道，引发鼻炎、咽喉炎等时，由于炎性因子的刺激，会导致发烧。同时，上呼吸道存在炎性病灶，会出现咽干、咽痒、打喷嚏、鼻塞、流鼻涕、发热、咳嗽、咳痰等症状。当流鼻涕导致鼻子堵塞、呼吸不畅时，就可能出现头疼，从而出现咳嗽、头疼、发烧的情况。
二、下呼吸道感染：
1.当病原体向下侵入呼吸道深处，易诱发肺炎、支气管炎等，其典型症状为咳嗽、咳痰、发热、胸闷等，严重者会出现高烧、气喘等。当机体呼吸不畅、大脑缺氧时，会出现头疼表现，进而出现咳嗽头疼伴有发烧的情况。
除上述疾病因素外：
(1)呼吸道感染合并病毒性脑炎时，会在咳嗽、发热基础上伴随明显头疼，出现咳嗽头疼、发烧的情况。
(2)若机体存在肿瘤疾病，如肺癌伴中枢神经系统转移时，也会使患者出现咳嗽伴有头疼发烧的情况。
总之，当出现咳嗽、头疼、发烧等症状时，要综合考虑多种可能的原因，不能简单判断，应尽快就医进行详细检查和诊断，以便采取针对性的治疗措施。