脊椎炎的引发原因较为复杂，其中遗传因素是一个重要方面，约90%的脊椎炎患者与人类白细胞抗原B27（HLA - B27）基因相关，该基因阳性者发生脊椎炎的风险比阴性者高很多。
遗传因素影响
HLA - B27基因关联： 研究发现，HLA - B27基因在脊椎炎的发病中起到关键作用。携带HLA - B27基因的人群，相较于不携带该基因的人群，患上脊椎炎的概率要高得多。比如在一些流行病学调查中发现，HLA - B27阳性人群中脊椎炎的发病率明显高于阴性人群。
感染因素作用
肠道细菌感染相关： 某些肠道细菌可能与脊椎炎的发生有关。例如，克雷伯菌等肠道细菌的某些成分可能与人体自身组织有相似结构，当人体感染这类细菌后，免疫系统在攻击细菌时可能误伤到自身的脊椎等组织，从而引发炎症反应，导致脊椎炎的出现。泌尿生殖道感染影响： 泌尿生殖道的一些病原体感染也可能参与脊椎炎的发病过程。比如衣原体等病原体感染后，可能通过免疫反应等途径影响到脊椎部位，诱发炎症，进而导致脊椎炎的发生。
免疫因素紊乱
免疫系统异常激活： 人体的免疫系统正常情况下能够识别和抵御外来病原体等，但在脊椎炎患者中，免疫系统出现异常激活的情况。免疫系统会错误地攻击自身脊椎关节等部位的组织，导致炎症的持续发生，使得脊椎关节出现疼痛、僵硬等一系列脊椎炎的症状。例如，免疫系统中的一些细胞因子等会异常增多，持续刺激脊椎关节部位，引发炎症反应。自身免疫反应主导： 脊椎炎属于自身免疫性疾病的范畴，自身免疫系统错误地将脊椎关节等组织当作外来的有害物进行攻击，从而不断破坏脊椎关节的正常结构和功能，导致脊椎炎的逐步发展，出现脊柱活动受限等典型的脊椎炎表现。