尖锐湿疣主要通过外用药物、物理治疗等方法来治疗。一般来说，治疗方式的选择会根据疣体的大小、数量、部位等因素来定。
外用药物治疗
鬼臼毒素酊： 它可以抑制被感染细胞的分裂增殖，起到去除疣体的作用。不过，使用时要注意只能用于疣体，不能涂到正常皮肤黏膜上，而且孕妇禁用。咪喹莫特乳膏： 属于免疫调节剂，能刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和抗增殖作用。但使用后可能会出现局部皮肤红斑、糜烂等不良反应。
物理治疗方法
激光治疗： 利用高能量激光束使疣体组织碳化、坏死，从而达到去除疣体的目的。治疗时会有一定疼痛，术后要保持创面清洁干燥，防止感染。一般较小的疣体可以选择激光治疗。冷冻治疗： 采用低温液氮使疣体组织坏死脱落。冷冻后局部会出现水疱、肿胀等反应，通常1 - 2周水疱会干涸结痂脱落。对于数量少、面积小的疣体适用。
手术治疗情况
适用于较大的疣体： 当尖锐湿疣疣体较大，其他治疗方法效果不佳时，可以考虑手术切除。但手术切除后有复发的可能，术后要注意预防感染，定期复查。
免疫治疗辅助
干扰素： 可以起到辅助治疗的作用，通过调节免疫来抑制病毒复制。一般是局部注射或全身用药，不过单独使用效果有限，常作为辅助治疗手段。但使用干扰素可能会有发热、头痛等不良反应。