怀孕两个月肚子疼，其原因包括异常妊娠以及其他疾病。
一、异常妊娠：
1.怀孕两个月肚子疼可能是先兆流产等异常妊娠导致，此时需尽快到医院做B超检查。若显示子宫腔内有积血，那就很可能是先兆流产。
(1)先兆流产：通常表现为妊娠早期出现少量阴道流血，常为暗红色或血性白带，无妊娠物排出，随后出现阵发性下腹痛或腰背痛。
2.若显示胚胎长在子宫以外的位置，则表明是宫外孕。
(1)宫外孕：即异位妊娠，指孕卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程，以输卵管妊娠最常见。常表现为停经、腹痛、阴道流血等症状，严重时可导致休克。
二、其他疾病：
1.怀孕两个月肚子疼也可能是由盆腔和腹腔的其他疾病引起，比如肠炎导致的肠绞痛。
(1)肠炎：是细菌、病毒、真菌和寄生虫等引起的胃肠炎、小肠炎和结肠炎。临床表现主要有腹痛、腹泻、稀水便或黏液脓血便等。
2.盆腔炎引起的神经性疼痛。
(1)盆腔炎：是指女性生殖器官、子宫周围结缔组织及盆腔腹膜的炎症。主要表现为下腹部坠胀、疼痛及腰骶部酸痛等。
3.泌尿系结石导致输尿管痉挛而引起的肚子疼。
(1)泌尿系结石：又称尿石症，包括肾结石、输尿管结石、膀胱结石和尿道结石。主要症状为疼痛、血尿、恶心、呕吐等。
总之，怀孕两个月肚子疼的原因较多，若出现这种情况，应及时就医，明确原因，并采取相应的治疗措施。