九价和四价宫颈癌疫苗主要在预防病毒类型、适用年龄和价格上有区别。九价疫苗能预防9种高危型HPV，包括6、11、16、18等型，适用年龄是16~26岁，价格通常在1300~1500元/支左右，全程3针大概4000~4500元。四价疫苗能预防6、11型低危型和16、18型高危型HPV，适用年龄是20~45岁，价格一般在800~1000元/支，全程3针差不多2400~3000元。
预防的HPV亚型不同
九价HPV疫苗：可以预防6、11、16、18、31、33、45、52、58型HPV感染。能预防约90%的宫颈癌、90%的尖锐湿疣等疾病。四价HPV疫苗：预防的是6、11、16、18型HPV。可以预防70%的宫颈癌和90%的尖锐湿疣。
适用年龄有差异
九价HPV疫苗：适用于16~26岁的女性。四价HPV疫苗：适用于20~45岁的女性。不过，年龄不是绝对的限制，只要符合接种年龄范围都可以考虑接种，只是九价针对的年龄更窄一些。
价格方面有不同
九价HPV疫苗：价格相对较高，一般每针价格在1300~1500元左右，全程需要接种3针，所以总共的费用大概在4000~4500元。四价HPV疫苗：价格比九价稍低，每针价格通常在800~1000元左右，3针全部接种完大概需要2400~3000元。
接种程序有别
九价HPV疫苗：接种程序是0、2、6个月各接种1针，也就是第一针接种后，间隔2个月接种第二针，间隔6个月接种第三针。四价HPV疫苗：接种程序也是0、2、6个月各接种1针，和九价的接种时间间隔安排是一样的。不过，具体的接种时间可能会因疫苗供应等实际情况有所调整，接种时要按照当地接种门诊的安排来进行。