霉菌性龟头炎通常可使用抗真菌药物治疗，一般通过局部或全身用药来缓解症状。例如局部外用的克霉唑乳膏，一般用药后数天内症状可能会有所改善。
外用抗真菌药物
克霉唑乳膏： 属于广谱抗真菌药，能抑制真菌细胞膜的合成，对多种真菌有抗菌作用。使用时需清洁龟头后，取适量乳膏涂抹于患处，一般每天1 - 2次。但要注意，对克霉唑过敏者禁用。咪康唑乳膏： 同样是外用抗真菌药，通过干扰真菌细胞色素P - 450的活性，影响真菌固醇的生物合成，从而发挥抗真菌功效。用药方法是洗净患处后，将乳膏涂擦于患处，一日2 - 3次。不过，孕妇及哺乳期妇女慎用。
口服抗真菌药物
氟康唑： 是一种口服的广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。对于病情较为严重或反复发作的霉菌性龟头炎患者可能会使用。但需要注意，严重肝功能不全者禁用，而且用药期间要定期检查肝功能。伊曲康唑： 也是口服抗真菌药物，它能够高度选择性地抑制真菌细胞色素P - 450的活性，从而抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成。不过，有严重肝脏疾病的患者应慎用，在用药过程中要监测肝功能。
用药注意事项
个人卫生方面： 在用药治疗霉菌性龟头炎期间，要保持龟头部位的清洁卫生，每天用清水清洗龟头，避免不洁性生活。同时，要勤换内裤，内裤最好选择棉质透气的。性伴侣同治： 如果患者有性伴侣，性伴侣也需要同时进行检查和治疗，因为霉菌性龟头炎可能会通过性接触传播，否则容易导致交叉感染，使病情反复。用药疗程： 无论是外用还是口服抗真菌药物，都要按照疗程用药，不能症状稍有缓解就自行停药，否则容易导致病情复发。一般需要连续用药数天甚至数周，具体要根据病情严重程度遵医嘱执行。