全身疼可能由多种原因引起，比如在感染性疾病中，流感患者可能会出现全身肌肉酸痛等全身疼的症状，一般病程可能持续1~2周左右。
感染性疾病相关
病毒感染： 像流感病毒引起的流感，除了全身疼，还常伴有高热、咳嗽、乏力等症状。另外，EB病毒感染引起的传染性单核细胞增多症，也可能出现全身肌肉疼痛、发热、咽痛等表现。细菌感染： 严重的细菌感染，如败血症，除了全身疼，还会有寒战、高热、皮肤瘀点等表现，病情相对较严重，需要及时就医治疗。
风湿免疫性疾病相关
类风湿关节炎： 多发生在30~50岁人群，主要表现为对称性的小关节疼痛、肿胀，也可出现全身疼痛，病情会反复发作，逐渐导致关节畸形。系统性红斑狼疮： 好发于育龄女性，全身症状明显，包括全身疼、发热、面部红斑、口腔溃疡等，病情可累及多个系统。
慢性疲劳综合征相关
长期生活方式因素： 长期熬夜、过度劳累、精神压力过大等导致的慢性疲劳综合征，会出现全身疼痛、疲劳、注意力不集中等症状，一般经过休息、调整生活方式后可能会有所缓解，但如果长期不改善，症状可能会持续存在。纤维肌痛综合征： 多见于女性，主要表现为广泛的全身疼痛，还常伴有睡眠障碍、疲劳、认知功能障碍等，疼痛通常在晨起或休息后加重。
其他因素相关
药物副作用： 某些药物在服用后可能会有全身疼的副作用，比如降脂药他汀类药物，少数人服用后会出现肌肉疼痛等表现。内分泌紊乱： 如甲状腺功能减退症，患者会出现全身疼、乏力、怕冷、水肿等症状，是由于甲状腺激素分泌不足导致代谢减慢引起的。