阴道囊肿的治疗方式需根据囊肿情况而定。一般较小且无症状的阴道囊肿可先观察，较大或有症状的可能需要手术切除。
手术治疗情况
囊肿较大影响生活时：当阴道囊肿较大，比如直径超过3厘米，且引起性交不适、排尿困难等症状时，通常需要手术切除。手术方式有多种，如囊肿造口术，这种手术是将囊肿切开，使囊液流出，然后让囊肿内壁贴合，防止再次粘连。还有囊肿切除术，直接把囊肿完整切除。先天性阴道囊肿处理：有些先天性的阴道囊肿，也多需要手术干预。比如中肾管囊肿，若囊肿逐渐增大，影响阴道正常结构和功能，就需要通过手术来处理，以恢复阴道的正常形态和功能。
观察随访情况
小而无症状的囊肿：如果阴道囊肿很小，直径在1厘米以内，而且没有任何不适症状，像没有引起疼痛、出血、排尿异常等情况，那可以定期观察随访。一般建议每隔3 - 6个月进行妇科检查，通过超声等检查手段来观察囊肿大小、形态等有无变化。比如有的女性体检发现很小的阴道囊肿，医生评估后可能会让其定期复查，暂时不做特殊处理。
特殊情况处理
合并感染的阴道囊肿：要是阴道囊肿合并感染，出现红肿、疼痛、有脓性分泌物等情况，首先要进行抗感染治疗。可以使用抗生素，如口服头孢类抗生素等控制感染，感染控制后再根据囊肿情况决定后续是继续观察还是手术治疗。比如囊肿合并感染后，先通过使用抗生素把炎症控制住，然后再判断是否需要手术切除囊肿，防止再次感染复发。