肩胛骨中间脊柱疼可能由多种原因引起，比如长期不良姿势，像久坐且含胸驼背的人，约有60%的这类人群会出现肩胛骨中间脊柱疼的情况。
原因一：肌肉劳损
姿势性肌肉劳损：长时间保持伏案工作、低头看手机等不良姿势，会使肩胛骨周围的肌肉处于紧张状态，尤其是菱形肌、斜方肌等，时间一长就容易导致肩胛骨中间脊柱附近疼痛。一般每天连续不良姿势超过2小时，就会增加肌肉劳损引发疼痛的风险。运动性肌肉劳损：过度进行肩部或背部的运动，比如频繁做俯卧撑、引体向上等，也可能造成肩胛骨中间脊柱周围肌肉劳损，进而引起疼痛。通常运动后24 - 48小时内可能会出现明显不适。
原因二：脊柱病变
颈椎病：当颈椎发生病变时，可能会累及肩胛骨中间脊柱区域出现疼痛。尤其是神经根型颈椎病，突出的颈椎间盘可能压迫神经根，导致肩胛骨中间脊柱疼，约有30%的神经根型颈椎病患者会有此类表现。脊柱侧弯：脊柱侧弯患者由于脊柱的正常生理曲度改变，会使肩胛骨周围的力学平衡失调，从而引发肩胛骨中间脊柱疼。脊柱侧弯角度超过10度时，就较容易出现相关疼痛症状。
原因三：内脏疾病牵涉痛
心肺疾病：某些心肺疾病也可能导致肩胛骨中间脊柱疼。比如胸膜炎，炎症刺激可能会牵涉到肩胛骨中间脊柱区域疼痛；冠心病患者有时也会出现肩胛骨中间脊柱附近放射性疼痛，约有15%的冠心病患者会有这种不典型的疼痛表现。