阴茎上长小疙瘩可通过以下方式处理：
一、阴茎卫生护理：阴茎出现小疙瘩可注重做好卫生护理来辅助病情恢复与治疗。比如用温水清洗阴茎，保持阴茎清洁；还要勤换洗内衣裤，避免细菌滋生。
二、药物治疗：
1.若为阴茎毛囊炎和包皮炎引起，可遵医嘱使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物，有较好疗效。
2.对于真菌感染所致症状，可遵医嘱应用盐酸特比萘芬散、氟康唑等药物进行治疗。
三、物理治疗：针对HPV感染引起的症状，可根据医生建议进行物理治疗，如冷冻治疗、激光治疗等，通常有比较明显的效果。
四、手术治疗：
1.可根据医生指导进行手术切除等方式，如疙瘩较大等情况。
2.必要时还可能需进行手术植皮等处理。
阴茎上长小疙瘩的注意事项：
1.务必及时前往医院检查，并依据检查结果进行相应处理治疗。
2.日常生活中要做好阴茎的卫生清洁工作。
3.治疗期间保持饮食清淡健康，同时应避免性生活。
总之，当阴茎上长小疙瘩时，要重视起来，采取合适的措施进行治疗和护理，以促进康复。