吃维生素B后尿黄主要是因为维生素B中的核黄素（维生素B₂）在体内代谢后，其代谢产物会通过尿液排出，使尿液呈现黄色。正常情况下，当人体摄入过量的核黄素时，超过了机体的代谢能力，就容易出现尿黄现象。一般来说，每天摄入核黄素不超过推荐量时，尿黄情况通常不明显，但如果短期内大量服用维生素B补充剂，就较易出现尿黄。
代谢途径方面的原因
核黄素的正常代谢：核黄素是水溶性维生素，被人体吸收后参与体内的氧化还原反应等多种生理过程。正常情况下，它会随着血液循环运输到各个组织器官发挥作用，之后未被完全代谢的部分会经过肾脏过滤，然后通过尿液排出体外。过量摄入的影响：当一次性摄入较多维生素B时，比如超过了人体每日正常需要量（成人一般每日需摄入1.2~1.5毫克核黄素），身体无法完全代谢这些过量的核黄素，多余的部分就会通过尿液排出，从而使尿液颜色变黄。
个体差异带来的情况
不同人群的差异：对于一些肾功能相对较弱的人来说，肾脏对核黄素代谢产物的排泄功能可能稍差，那么摄入相同剂量的维生素B后，就更容易出现尿黄现象。比如老年人由于肾功能有一定程度的减退，相对年轻人就更易因吃维生素B而尿黄。而青少年肾功能较好，相对出现尿黄的概率可能低一些，但如果大量摄入，也会有尿黄情况。特殊体质人群：有些特殊体质的人，对维生素B的代谢能力与常人不同，即使摄入正常剂量的维生素B，也可能出现尿黄。不过这种特殊体质的人群相对较少见，但确实存在个体差异导致的不同表现。
与其他因素的关联
饮水量的影响：如果在吃维生素B的同时饮水量较少，那么尿液会相对浓缩，即使核黄素代谢产物的量不多，也会使尿液颜色看起来更黄。反之，如果饮水量充足，尿液被稀释，尿黄的程度可能就会减轻。一般建议吃维生素B时每天保证饮水量在1500~2000毫升左右，这样能一定程度上减轻尿黄的表现。同时服用其他药物的影响：如果在吃维生素B的同时还服用了其他可能影响尿液颜色的药物，那么吃维生素B后尿黄的情况可能会被影响或被混淆。比如有些药物本身就可能导致尿液变色，这时候就需要仔细区分是维生素B导致的尿黄还是其他药物引起的。但一般来说，维生素B导致的尿黄是比较常见且有其自身代谢特点的。