小儿秋季腹泻并无最佳治疗方法，一旦发现患病应尽快前往当地正规医院小儿消化科就诊，在医生指导下进行医治，切不可自行用药，以免加重腹泻或引发其他不适症状。具体治疗措施包括：
一、一般治疗：
1.注意保暖，适当增添小儿衣物，防止其受凉导致胃肠道不适，进而加重秋季腹泻症状。
2.增加温水摄入，以满足机体需求。
二、药物治疗：
1.小儿秋季腹泻多因轮状病毒感染引起，需有针对性地治疗。在医生指导下可使用药物，如蒙脱石散可起到保护肠黏膜的作用，双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊能平衡肠道菌群。
2.同时进行口服补液治疗，推荐使用标准枸橼酸钠口服补液盐。轻中度脱水的小儿需补足脱水量后继续维持补液；用于预防脱水时，可在每次腹泻后进行补液，直至症状消失。口服补液可能会出现轻度恶心、呕吐等不良反应，饭后服用能减轻对胃的刺激。
由于小儿秋季腹泻主要在秋冬季节集中暴发，6个月至2岁的婴幼儿是主要易感人群，且年龄越小发作几率越大，所以需要及时采取有效治疗以控制症状，避免出现如发热、脱水、电解质紊乱、休克等其他并发症，防止导致营养不良、生长发育迟缓等不良后果。