怀孕5周小腹部总是隐隐作痛，原因包括正常现象、先兆流产、不良饮食因素等。具体如下：
一、正常现象：怀孕5周处于孕早期，此时胚胎成功着床后，子宫不断增大，会对周围组织及韧带产生牵拉或压迫，从而导致小腹部总是隐隐作痛。这种情况通常无需特殊处理，日常注意休息，孕早期应尽量避免剧烈运动。
二、先兆流产：是指孕早期出现的腹部疼痛及阴道少量出血，其发生原因较为复杂，可能与父亲因素、母亲因素、环境因素、胎儿因素等有关，这也会引发怀孕5周小腹部隐隐作痛。一般可在医生指导下服用黄体酮胶囊等保胎药物进行治疗。
三、不良饮食因素：若孕早期饮食过于繁杂或进食了被细菌污染的食物，易引发胃肠道疾病，当肠道疾病出现时，就可能造成怀孕5周小腹部总是隐隐作痛，同时还可能伴有腹泻、腹胀等症状。一般要改善饮食习惯，尽量选择清淡易消化食物，还可给予双歧杆菌进行调理治疗。
总之，怀孕5周小腹部隐痛可能是上述多种情况导致，要根据具体情况采取相应的措施。如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医。