男性阴茎疼痛可能由外伤、阴茎炎、尿道炎、龟头炎导致。具体原因如下：
一、外伤：
外伤即身体遭受外力作用，且外力超出身体软组织可承受范围，进而致使软组织损伤。在外伤影响下，会出现阴茎疼痛现象。
二、阴茎炎：
阴茎炎指包皮和龟头内部的慢性炎症，常伴有浆细胞浸润，仅有少数几处明显炎性红斑，表面湿润发亮等。疼痛是其主要症状之一。在临床上，多见于患者包皮过长或个人卫生状况不佳，引起局部出现红肿等炎性反应，从而诱发阴茎炎。
三、尿道炎：
急性期男性可有尿道分泌物，开始为黏液性，之后多转为脓性分泌物，阴茎根部疼痛也是症状表现之一。因尿道器械检查导致尿道黏膜擦伤，可能破坏尿道黏膜的防御功能，从而引发细菌感染，形成尿道炎。
四、龟头炎：
若不注重清洁外生殖器，或者在清洁时做得不到位，男性包皮皮脂腺的分泌物会长期堆积在包皮下，形成大量包皮垢。而包皮垢是细菌的良好培养皿，如果不及时有效地进行清洗，往往容易诱发龟头炎。其常见症状包括龟头红肿、疼痛、流脓、又痛又痒、有异味等。
男性阴茎疼痛的注意事项：要注重局部卫生，患者应经常清洗包皮，如果存在包皮过长的情况，一定要及时进行处理。同时要注意保持包皮腔内的清洁和干燥。