得了巧克力囊肿的治疗方式需根据患者年龄、症状、生育需求等因素综合决定。一般来说，较小的无症状囊肿可定期观察，而有明显症状或较大的囊肿可能需要手术或药物干预。
药物治疗情况
非甾体抗炎药：对于轻度疼痛的患者，可使用非甾体抗炎药来缓解疼痛，如布洛芬等，这类药物能通过抑制体内前列腺素的合成来减轻疼痛，但可能会有胃肠道不适等副作用。避孕药：口服避孕药可以调节月经周期，抑制子宫内膜异位的活性，对部分巧克力囊肿患者有一定的控制作用，一般需要连续服用3 - 6个月左右。
手术治疗方式
腹腔镜手术：这是比较常用的手术方式，属于微创手术。通过腹腔镜可以清晰地看到盆腔内的情况，对囊肿进行剥除。手术创伤小，术后恢复相对较快，一般术后住院3 - 7天左右即可。开腹手术：如果囊肿较大、粘连严重或者存在其他复杂情况时，可能需要开腹手术。开腹手术创伤相对较大，术后恢复时间较长，一般需要住院7 - 10天左右。但对于一些病情复杂的患者来说，开腹手术能更彻底地处理病灶。
观察随访情况
适用于小囊肿且无症状者：对于直径小于5厘米、没有明显症状且没有生育要求的患者，可以选择定期随访观察。一般建议每3 - 6个月进行一次超声检查，观察囊肿的大小变化。如果在观察期间囊肿没有明显增大，也没有出现明显症状，可以继续观察；但如果囊肿有增大趋势或者出现腹痛等症状，则需要考虑进一步治疗。