做胃肠镜一般来说风险较低，但也可能存在一些相对较轻微的危害。比如，检查过程中可能会有短暂的不适，像腹胀、腹痛等，不过通常很快能缓解。少数人可能对内镜检查使用的镇静药物有过敏反应，但这种情况发生率很低，大概在千分之几的概率。
胃肠镜检查的不适反应
腹胀感： 在做胃镜时，需要向胃内注入一定量气体来充分暴露视野，检查后可能会有短暂的腹胀，一般几个小时内就会自行缓解。而做肠镜时，也需要注入气体扩张肠道，检查后部分人会有腹胀，通常1 - 2天内可恢复。轻度腹痛： 操作过程中，内镜通过肠道时可能会刺激肠道黏膜，引起轻微腹痛，大多休息后就能好转。一般腹痛程度较轻，像轻微的牵拉感，不会持续很长时间。
镇静药物相关风险
过敏风险： 如果患者对胃肠镜检查中使用的镇静药物，如丙泊酚等过敏，可能会出现皮疹、呼吸困难等过敏症状。不过现在会在检查前详细询问过敏史，并且有相应的急救措施，所以真正发生严重过敏的情况非常罕见。呼吸抑制： 对于一些特殊人群，比如老年人、呼吸功能不好的人，使用丙泊酚等镇静药物可能会引起呼吸抑制，但在检查过程中会有医护人员密切监测生命体征，及时处理，发生严重呼吸抑制的概率极低。
胃肠道黏膜损伤风险
轻微擦伤： 内镜在通过食管、胃、肠道时，有可能导致胃肠道黏膜轻微擦伤，不过这种情况很轻微，一般不会引起严重出血等问题。通常检查后1 - 2天内黏膜就能修复，而且发生概率非常低，据统计大概在万分之几的水平。穿孔风险： 虽然胃肠镜检查导致胃肠道穿孔的概率很低，不足1‰，但对于一些有肠道狭窄、炎症性肠病活动期等特殊情况的患者，穿孔风险会相对高一些。不过现在内镜操作技术不断提高，这种严重并发症的发生概率已经大大降低。