癫闲病的引起原因较为复杂，其中约有30%的癫闲与遗传因素密切相关，比如某些特定的基因突变可能会增加患癫闲的风险。
遗传因素导致
家族遗传倾向： 如果家族中有癫闲病史，那么亲属患癫闲病的概率会比普通人群高。研究发现，某些单基因遗传疾病会直接引发癫闲发作，像儿童良性中央颞区癫闲就具有明显的常染色体显性遗传特征，约20% - 30%的患者有家族史。基因变异影响： 人体的一些基因发生突变，会干扰大脑神经细胞的正常功能和电活动平衡。例如，编码离子通道的基因出现突变时，会使神经细胞膜的离子通透性改变，容易导致异常放电，从而引发癫闲。
脑部疾病引发
先天性脑发育异常： 胎儿在发育过程中，由于各种原因导致大脑结构出现异常，如大脑皮质发育不良、灰质异位症等。这些异常的脑结构会使神经元的排列和功能出现紊乱，出生后就可能引发癫闲。据统计，由先天性脑发育异常导致的癫闲约占小儿癫闲的20%左右。脑部外伤： 头部受到严重撞击等外伤后，可能会造成颅内出血、颅骨骨折等情况，进而损伤大脑组织。一般在头部外伤后的数月甚至数年，都有可能出现癫闲发作。例如，重型颅脑外伤患者中，癫闲的发生率可达到20% - 50%。脑部肿瘤： 颅内肿瘤会对周围脑组织产生压迫和浸润，影响神经细胞的正常功能。无论是良性肿瘤还是恶性肿瘤，都可能引发癫闲，尤其是生长在大脑皮质部位的肿瘤，引发癫闲的概率相对较高。
全身或系统性疾病所致
代谢紊乱： 当人体出现低血糖时，会影响大脑细胞的能量供应，导致神经细胞功能异常，从而引发癫闲。严重的低血糖持续超过1小时，就可能造成大脑不可逆的损伤，并引发反复癫闲发作。还有甲状腺功能减退症，会使机体代谢减慢，影响神经系统的功能，约10%的甲状腺功能减退患者会合并癫闲。感染因素： 中枢神经系统感染，如脑炎、脑膜炎等，病原体感染会引起脑组织炎症和水肿，刺激神经细胞异常放电。例如，单纯疱疹病毒性脑炎患者中，癫闲的发生率可达30% - 80%。另外，寄生虫感染，如脑囊虫病，也是引发癫闲的常见原因之一，在癫闲患者中，因脑囊虫病导致的约占10%左右。