病毒脑膜炎后遗症的表现多样，部分患者可能出现认知功能障碍，比如约有10% - 20%的患者会存在注意力不集中、记忆力减退等情况，学习或工作效率可能明显下降。
神经系统方面的后遗症
智力与学习障碍： 一些儿童患者在患病毒脑膜炎后，可能出现智力轻度下降，在学校里学习成绩跟不上同龄孩子，表现为对知识的吸收和运用能力变弱。运动功能异常： 部分患者会有肢体运动障碍，像单侧或双侧肢体的肌力减退，走路时可能出现步态不稳，严重的甚至无法正常行走。有的还会有肌张力异常，比如肌肉紧张度过高，导致肢体僵硬，影响日常的肢体活动。
精神心理方面的后遗症
情绪障碍： 患者可能出现长期的情绪低落，也就是抑郁状态，表现为对很多事情缺乏兴趣，情绪持续处于较低落的状态，有的还可能伴有焦虑情绪，总是莫名担心、紧张。睡眠障碍： 会出现睡眠问题，比如入睡困难，睡眠时间缩短，或者睡眠质量差，即使睡了也感觉没有休息好，影响第二天的精神状态。
其他方面的后遗症
癫痫发作： 约有5% - 10%的病毒脑膜炎患者在后遗症期可能出现癫痫发作，发作形式多样，有的是全身性大发作，表现为突然倒地、四肢抽搐、口吐白沫；有的是部分性发作，出现身体某一局部的抽搐等。头痛： 不少患者会遗留长期的头痛症状，疼痛程度和性质因人而异，有的是持续性隐痛，有的是间歇性胀痛，严重影响生活质量。