口腔囊肿的形成原因较为多样，比如根尖周囊肿，多是由于牙齿根尖部的慢性炎症，细菌感染等因素导致根尖周组织产生肉芽肿，进而发展成囊肿，一般病程可能较长。
牙源性囊肿的形成
根尖周囊肿： 主要是因为牙髓感染、坏死，细菌及其毒素通过根尖孔作用于根尖周组织，引发炎症反应。炎症刺激使得根尖周组织内的上皮细胞增殖，逐渐形成囊肿。例如，长期患有龋病且未及时治疗的牙齿，就容易引发这种情况。含牙囊肿： 一般是在牙齿发育过程中，牙釉质和牙本质形成后，牙冠被上皮组织覆盖，形成的液体潴留腔。当牙齿发育异常，釉质上皮剩余增殖并包裹牙冠，液体渗出积聚就会形成含牙囊肿。常见于下颌第三磨牙区。
非牙源性囊肿的形成
黏液囊肿： 多是由于小唾液腺导管破裂或阻塞，导致黏液外漏或潴留而形成。比如，口腔受到外伤，咬伤小唾液腺导管，或者导管因炎症等原因阻塞，就可能引发黏液囊肿。常见于下唇及舌尖腹侧。鳃裂囊肿： 是胚胎发育时期鳃裂残余组织发生的囊肿。在胚胎发育过程中，鳃裂的残余组织没有完全退化消失，残留的组织发生囊性变就形成了鳃裂囊肿。常见于颈侧部，多见于青少年。
潴留性囊肿的形成
皮脂腺囊肿： 由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀而形成潴留性囊肿。口腔内的皮脂腺囊肿相对较少见，多是因为口腔黏膜下的皮脂腺导管堵塞，皮脂积聚所致。