小儿肠胃炎可以使用的药物需根据具体症状来选择。一般来说，对于腹泻症状，可使用蒙脱石散等药物；若有肠道菌群失调，可使用益生菌类药物。
针对腹泻的药物
蒙脱石散：它能在肠道内形成保护膜，吸附病原体和毒素，起到止泻作用。小儿可根据年龄按剂量服用，比如1岁以下儿童每日1袋，分3次服用；1 - 2岁儿童每日1 - 2袋，分3次服用；2岁以上儿童每日2 - 3袋，分3次服用。消旋卡多曲：这是一种脑啡肽酶抑制剂，能选择性、可逆性地抑制脑啡肽酶，从而减少水和电解质的分泌。适用于1月以上婴儿和儿童的急性腹泻。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等有益菌，能补充肠道正常菌群，抑制肠道有害菌的生长繁殖，调节肠道菌群平衡，改善小儿肠胃炎引起的肠道功能紊乱。6个月 - 3岁小儿一次1片，一日3次；3岁以上小儿一次2片，一日3次。枯草杆菌二联活菌颗粒：含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。6个月以下婴儿一次1袋，一日2次；6个月 - 3岁小儿一次1袋，一日2 - 3次；用40℃以下温开水或牛奶冲服，也可直接服用。
缓解腹痛的药物
颠茄片：能解除胃肠道平滑肌痉挛，缓解腹痛。但小儿使用需谨慎，6个月以下婴儿慎用，6个月以上小儿遵医嘱服用。它通过阻断M胆碱受体发挥作用，从而缓解胃肠道痉挛性疼痛。山莨菪碱片：适用于解除平滑肌痉挛、胃肠绞痛等。小儿用量需根据体重计算，一般5岁以上小儿每次0.3 - 0.5mg/kg，一日2 - 3次。它能松弛平滑肌，解除血管痉挛，改善微循环。
抗感染的药物
如果是细菌感染引起的小儿肠胃炎，可能会用到抗生素。比如头孢克肟颗粒，适用于对头孢克肟敏感的链球菌属（肠球菌除外）、肺炎球菌、淋球菌、卡他布兰汉球菌、大肠杆菌、克雷伯杆菌属、沙雷菌属、变形杆菌属及流感杆菌等引起的细菌感染性疾病。小儿按体重一次1.5 - 3mg/kg，一日2次；严重感染可增至一次6mg/kg，一日2次。但使用抗生素必须严格遵医嘱，不能自行滥用。