睡醒后全身酸疼可能由多种原因引起，比如长时间保持同一睡姿，可能导致肌肉长时间受压，一般这种情况经过适当活动和调整会逐渐缓解。
睡眠姿势不当：
长时间压迫肌肉： 如果睡眠时总是保持一个姿势，像长时间趴着睡，会使身体某些部位的肌肉持续处于紧张、受压状态，经过6 - 8小时的睡眠后，肌肉疲劳、缺血，就容易在睡醒后出现全身酸疼。比如趴着睡时，胸部、肩部的肌肉长时间被挤压，醒来后就可能感觉这些部位酸痛。床垫不合适： 床垫太硬或太软都可能影响睡眠时肌肉的放松。太硬的床垫不能贴合身体曲线，会让某些部位肌肉过度紧张；太软的床垫又会使身体下陷过度，肌肉难以得到有效支撑，睡醒后也容易全身酸疼。一般建议选择软硬适中、能贴合身体脊柱生理曲线的床垫。
运动量过大：
无氧运动后乳酸堆积： 前一天进行了大量无氧运动，比如快跑、举重等，身体会产生较多乳酸。睡眠时身体代谢减慢，乳酸不能及时被代谢分解，堆积在肌肉中，睡醒后就会感觉全身酸疼。通常这种情况在运动后的1 - 2天内睡醒时比较明显。运动造成肌肉微小损伤： 运动过程中，即使是适量运动，也可能造成肌肉微小损伤，虽然肉眼看不到，但睡醒后身体开始活动，会刺激到受损的肌肉，从而引发全身酸疼。
疾病因素：
类风湿关节炎： 这是一种自身免疫性疾病，患者晨起时常常会有全身关节疼痛、僵硬，包括肌肉也可能伴随酸痛，一般持续时间较长，可能数小时甚至更久，而且病情会反复发作。纤维肌痛综合征： 主要表现为全身广泛性疼痛，睡眠质量可能受到影响，睡醒后全身酸疼感比较明显，还可能伴有疲劳、睡眠障碍等症状，这种疼痛在晨起时较为严重，活动后会有所缓解，但又会在活动过度后加重。