毛囊炎最佳的治疗方法需根据病情而定，一般轻度毛囊炎可通过局部处理改善，中重度可能需要药物等干预。通常轻度毛囊炎通过保持局部清洁等非药物方式有一定效果，而中重度可能需要使用药物。
局部清洁护理很重要
保持皮肤清洁：每天用温水清洗长毛囊炎的部位，水温不宜过高或过低，一般30~40℃较为适宜，通过清洁可以减少皮肤表面的污垢、油脂等，降低细菌滋生的机会。避免刺激：要避免搔抓、摩擦长毛囊炎的部位，因为搔抓可能会导致皮肤破损，使炎症加重，还可能引起感染扩散。
外用药物治疗
抗生素软膏：对于细菌感染引起的毛囊炎，常用莫匹罗星软膏等。莫匹罗星软膏可以抑制细菌的蛋白质合成，从而起到杀菌消炎的作用。一般每天涂抹2~3次，连续使用数天。抗真菌软膏：如果是真菌感染导致的毛囊炎，像酮康唑乳膏就比较常用。酮康唑能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，达到抗真菌效果，同样每天使用2次左右。
系统药物治疗
细菌感染严重时：当毛囊炎比较严重，有全身症状或者外用药物效果不佳时，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素，不过具体使用哪种抗生素要根据病情和医生判断来定。一般口服抗生素需要连续服用一段时间，通常是5~7天左右，但具体时间因人而异。真菌感染顽固时：如果是真菌性毛囊炎且比较顽固，可能需要口服抗真菌药物，像伊曲康唑等。口服抗真菌药物要注意可能存在的肝肾影响等，需要在医生监测下使用，一般疗程可能相对较长，可能需要几周时间。
物理治疗辅助
红光照射：红光照射可以促进局部血液循环，有助于炎症的消退。一般每周进行2~3次红光照射，每次照射时间大约10~15分钟，通过多次照射可以慢慢改善毛囊炎的症状。紫外线照射：紫外线照射也有一定的杀菌消炎作用，不过要注意控制照射剂量和时间，避免对皮肤造成过度损伤，通常也是每周进行几次照射。