大便有霉菌，可能有两种情况：一是正常肠道内真菌群，二是真菌性肠炎。
一、正常肠道内真菌群：通常我们所吃食物中会有真菌，若食用了发霉食物，霉菌也可能进入消化道，所以正常人检查大便时也可能有霉菌孢子。然而，正常人具备正常肠道菌群，可抑制霉菌生长，使其不处于活跃增殖状态。这种情况下，如果患者无症状，一般无需特殊用药。
二、真菌性肠炎：此时检查大便不仅会发现真菌的菌丝，且表明霉菌处于增殖状态。症状可能包括严重腹泻、腹胀、低热甚至呕吐等。这种情况在儿童尤其是营养不良或严重衰竭的儿童中较为常见，也可能发生在长期大量使用抗生素之后。对此，可在医生指导下使用抗真菌药物进行治疗，如制霉菌素、大蒜素、氟康唑、伊曲康唑等。另外，患者应注意卧床休息，进食易消化、高热量、高维生素、低脂肪食物。若腹泻较重，还应静脉补液以防脱水，可服用蒙脱石散止泻，也可服用益生菌促进有益菌群生长。
总之，大便有霉菌时要根据具体情况判断，若有相关症状应及时就医并遵医嘱进行治疗和调理。