甲状腺结节一般没有特定的药物能直接消除结节，但可根据具体情况用药。如果是甲状腺功能亢进引起的结节，可能会用到抗甲状腺药物，如甲巯咪唑，约有40% - 60%的患者通过规范使用甲巯咪唑等药物治疗后，甲状腺功能可恢复正常。
甲状腺功能亢进相关药物
抑制甲状腺激素合成药物：甲巯咪唑能抑制甲状腺过氧化物酶，阻断碘的有机化及酪氨酸的碘化和偶联，从而抑制甲状腺激素的合成。一般需要长期用药，通常要服用数月甚至数年，且需定期监测甲状腺功能调整剂量。β受体阻滞剂：普萘洛尔可用于缓解甲状腺功能亢进引起的心悸、手抖等症状，能阻断β受体，减轻交感神经兴奋的表现，一般在用药后数小时到数天内就能起到缓解症状的作用，但不能从根本上治疗甲状腺结节，只是缓解相关伴随症状。
甲状腺功能减退相关药物
如果甲状腺结节伴有甲状腺功能减退，常用左甲状腺素钠片。一般需要终身服用，通过补充外源性甲状腺素，维持体内甲状腺激素水平的平衡，通常需要根据甲状腺功能检查结果来调整药物剂量，一般调整剂量的间隔时间为4 - 6周。
炎症性甲状腺结节相关药物
若是亚急性甲状腺炎导致的甲状腺结节，可能会用到非甾体类抗炎药，如阿司匹林，一般服用后1 - 2天内疼痛等炎症症状可能会有所减轻。如果病情较重，还可能会用到糖皮质激素，如泼尼松，但糖皮质激素使用需谨慎，一般根据病情调整剂量，用药时间可能为数周。不过这类药物主要是针对炎症症状进行缓解，并非直接针对结节本身进行治疗。