藿香正气水主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，一般服用后能较快发挥作用。比如对于因外感风寒、内伤湿滞引起的头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状，有较好的缓解效果。
治疗外感风寒、内伤湿滞引发的不适
缓解头痛昏重：当人体因外感风寒、内伤湿滞出现头痛昏沉、头重如裹的情况时，藿香正气水可发挥作用，帮助改善头部不适。改善胸膈痞闷：它能对胸膈部位的痞闷感起到一定的舒缓作用，让患者感觉胸部和膈部的憋闷感减轻。
应对夏伤暑湿导致的问题
减轻脘腹胀痛：在夏伤暑湿引起脘腹部胀痛时，藿香正气水可以调理胃肠功能，缓解腹部的胀痛症状。缓解呕吐泄泻：对于夏伤暑湿造成的呕吐、泄泻情况，能帮助改善胃肠的紊乱状态，减轻呕吐和腹泻的次数。
外用时的作用
缓解蚊虫叮咬不适：如果被蚊虫叮咬后出现局部红肿、瘙痒等不适，可将藿香正气水涂抹在叮咬处，能在一定程度上减轻红肿和瘙痒感。改善痱子症状：对于痱子引起的皮肤瘙痒、起小丘疹等情况，外用藿香正气水也有一定的辅助改善作用，能让皮肤的不适有所减轻。需要注意的是，服用藿香正气水时要忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物，饮食宜清淡。而且有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者应在医师指导下服用。另外，对酒精过敏者禁用藿香正气水，过敏体质者慎用。