龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎，常用抗生素类药物。比如细菌感染导致的急性浅表性龟头炎，可使用莫匹罗星软膏等外用抗生素，一般坚持用药数天可能改善症状。
细菌感染性龟头炎用药
外用抗生素软膏： 像莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，直接涂抹在龟头患处，每天涂抹2 - 3次，连续用几天能起到消炎作用。口服抗生素： 如果感染比较严重，可能需要口服抗生素，如头孢类抗生素，它通过抑制细菌细胞壁合成来发挥杀菌作用，但使用前需确认没有过敏史。
真菌感染性龟头炎用药
外用抗真菌药膏： 常用的有克霉唑乳膏，它可以抑制真菌细胞膜的合成，从而抑制真菌生长繁殖。一般每天涂抹患处2次，坚持使用1 - 2周左右。口服抗真菌药： 对于症状较严重或反复发作的真菌感染性龟头炎，可能需要口服抗真菌药，如氟康唑，它能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜的合成，但肝功能不全者要慎用。
滴虫感染性龟头炎用药
外用药物： 可以使用甲硝唑溶液清洗龟头，起到一定的杀灭滴虫作用。口服药物： 口服甲硝唑片，它能干扰滴虫的氧化还原反应，阻止其能量代谢，但孕妇及哺乳期妇女要谨慎使用，需在医生指导下用药。
非感染性龟头炎用药
糖皮质激素类药膏： 如果是因过敏等非感染因素引起的龟头炎，短期使用糖皮质激素类药膏，如氢化可的松乳膏，能起到抗炎、抗过敏作用，但不能长期大量使用，以免引起不良反应。同时要避免接触可能的过敏原，比如某些材质的内裤等。