龟头炎的治疗药物需根据病因来选择，一般细菌感染引起的龟头炎，可使用抗生素类药物，比如莫匹罗星软膏等，通常局部涂抹能起到一定作用，一般连续涂抹几天可能会有改善，但具体效果因个体而异。
细菌感染性龟头炎用药
局部外用抗生素：如果是细菌感染导致的龟头炎，常用的有莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长。这类药物局部涂抹即可，方便简单。口服抗生素：对于病情稍重的细菌感染龟头炎，可能会用到口服的抗生素，像头孢类抗生素，不过使用前需要确认没有过敏情况。
真菌感染性龟头炎用药
抗真菌外用药物：若是真菌感染引起的龟头炎，常用的有克霉唑乳膏，它可以抑制真菌的生长繁殖。一般每天涂抹几次，坚持使用一段时间能见效。口服抗真菌药物：病情较为严重或者外用药物效果不佳时，可能会用到口服的抗真菌药物，比如氟康唑，但口服药物需要在医生指导下使用，因为有一定的肝毒性等风险需要监测。
滴虫感染性龟头炎用药
硝基咪唑类药物：滴虫感染引起的龟头炎，常用甲硝唑，一般可以口服甲硝唑来治疗，不过要注意可能会有胃肠道不适等副作用。而且在治疗期间要避免性生活，防止交叉感染。
非感染性龟头炎用药
糖皮质激素类药物：对于一些因过敏等非感染因素引起的龟头炎，可能会用到糖皮质激素类的外用药物，如氢化可的松乳膏，但这类药物不能长期大面积使用，以免引起不良反应。同时要尽量避免接触可能的过敏原，比如某些材质的内裤等。