慢性肠炎的临床表现多样，常见的有腹泻，多数患者会出现反复发作或持续的腹泻症状，病程可能长达数月甚至数年，大便次数一般每日数次到十余次不等，粪便多为糊状，可含有黏液、脓血等。
肠道症状表现
腹泻情况： 慢性肠炎患者的腹泻程度轻重不一，轻者每日排便3 - 4次，重者可每1 - 2小时就排便一次。粪便性状多样，有的呈稀水样，有的是黏液便，还有的会出现脓血便。比如有些患者可能长时间出现每天4 - 5次的黏液稀便情况。腹痛表现： 多数患者会有腹痛症状，疼痛部位多在腹部脐周，疼痛性质可为隐痛、胀痛或绞痛等。一般在排便前腹痛会加重，排便后疼痛有所缓解，但这种缓解往往不彻底。例如有的患者会感觉脐周隐隐作痛，排便前疼痛加剧，排便后仍有不适感。
全身症状体现
营养不良表现： 由于肠道长期炎症影响营养吸收，患者可能出现营养不良的情况，表现为体重减轻、消瘦。长期慢性肠炎的患者，体重可能在几个月内下降5 - 10斤不等。还可能出现维生素缺乏的症状，比如维生素B族缺乏可导致舌炎、口角炎等，维生素A缺乏可能引起皮肤干燥、夜盲症等。乏力表现： 患者常感到全身乏力，精神状态较差。因为长期慢性炎症消耗身体能量，加上营养吸收不良，使得患者容易疲劳，稍微活动就会觉得乏力，影响日常生活和工作。
其他伴随症状
肠道外表现： 部分慢性肠炎患者还可能出现肠道外的表现，比如关节炎，多发生在大关节，出现关节肿胀、疼痛等症状；有的患者会有皮肤病变，如结节性红斑等；还有的可能出现眼部症状，像虹膜睫状体炎等。另外，一些患者可能伴有植物神经功能紊乱的表现，如失眠、多汗、心慌等症状。