怀孕时流出褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎着床不稳定，可能会出现少量褐色分泌物。此外，过度劳累、剧烈运动、性生活等也可能导致先兆流产。如果出现褐色分泌物，同时伴有腹痛、阴道流血等症状，应及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮、地屈孕酮等。
2.异位妊娠：受精卵在子宫以外的部位着床，称为异位妊娠，其中以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠可能会导致阴道流血，颜色可为褐色或暗红色。如果停经后出现褐色分泌物，同时伴有一侧下腹部隐痛或酸胀感，应警惕异位妊娠的可能，及时就医，进行B超检查等，以明确诊断。确诊后，应根据具体情况选择手术治疗或药物治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，形成的赘生物，颜色可为鲜红色、粉红色或白色，质软而脆，容易出血。怀孕后，由于激素水平的变化，宫颈息肉可能会增大，导致阴道少量出血，表现为褐色分泌物。如果孕期发现宫颈息肉，应及时就医，医生会根据息肉的大小、位置等情况，决定是否进行治疗。
4.其他原因：除了上述情况外，阴道炎、宫颈炎、胎盘前置、胎盘早剥等也可能导致怀孕时流出褐色分泌物。
总之，怀孕时流出褐色分泌物可能是正常的，也可能是异常的，需要及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，禁止性生活。