怀孕三个月擦着有褐色分泌物可能是多种原因引起的，需要引起重视。一般来说，这种情况可能提示有先兆流产、宫颈病变等问题。
可能的原因分析
先兆流产方面
胚胎因素： 如果胚胎染色体异常，就容易出现阴道少量出血，表现为褐色分泌物。这是导致怀孕早期阴道出血比较常见的原因之一，据统计，约50% - 60%的先兆流产与胚胎染色体异常有关。母体因素： 孕妇本身有全身性疾病，像严重的贫血、高血压、心脏病等，会影响胚胎的血液供应，从而引发褐色分泌物。另外，孕妇内分泌异常，比如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，不能很好地维持妊娠，也可能导致这种情况。
宫颈病变方面
宫颈息肉： 宫颈部位的息肉组织比较脆弱，怀孕后由于激素变化等原因，息肉可能会出血，表现为褐色分泌物。宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，很多孕妇在孕期检查时可能会发现有宫颈息肉存在。宫颈炎： 孕妇患有宫颈炎时，宫颈局部的炎症会导致宫颈黏膜充血、水肿，容易出现少量出血，进而表现为褐色分泌物。孕期女性由于激素水平改变，更容易发生宫颈炎。
其他因素
外伤： 怀孕三个月时，如果孕妇有过剧烈运动、性生活不当等情况，可能会引起阴道少量出血，表现为褐色分泌物。比如孕妇进行了较为剧烈的体力活动，或者性生活时动作过于粗暴，都可能刺激子宫引起出血。胎盘位置异常： 虽然怀孕三个月时胎盘位置还不是完全固定，但如果胎盘位置较低，靠近宫颈口，也有可能出现阴道少量出血，表现为褐色分泌物。不过这种情况相对在孕中晚期更常见一些，但也不能完全排除孕早期出现的可能。如果怀孕三个月出现褐色分泌物，孕妇要及时就医，进行相关检查，如B超检查胚胎发育情况、孕酮水平检测、宫颈检查等，以便明确原因并采取相应的处理措施。