怀孕40天进行B超检查，在一定情况下能看到孕囊。一般来说，怀孕35天进行B超检查时，宫腔内可能可见到圆形或椭圆形的妊娠囊；怀孕42天进行B超检查时，可能能看到胎芽和原始心管搏动。
需要注意的是，孕囊的出现时间可能因个体差异和受孕时间而有所不同。如果受孕时间较晚，孕囊可能还未发育到可以通过B超检查看到的程度。此外，B超检查也可能受到其他因素的影响，如孕囊的位置、子宫的大小和形态等。
如果怀孕40天进行B超检查未看到孕囊，医生可能会建议进行其他检查，如血HCG测定、孕酮测定等，以帮助确定是否怀孕以及孕囊的位置和发育情况。如果血HCG测定结果提示怀孕，但B超检查仍未看到孕囊，需要警惕宫外孕的可能。宫外孕是一种危险的情况，可能导致大出血等并发症，需要及时就医并进行治疗。
此外，在怀孕早期，B超检查也不是必需的。如果没有阴道流血、腹痛等异常情况，医生可能会建议在怀孕6-8周时进行B超检查，以确定孕囊的位置、胎芽和胎心搏动等情况。
需要注意的是，B超检查是一种安全的检查方法，但也不是没有风险的。在进行B超检查时，需要遵循医生的建议，注意检查的时间、频率和注意事项等。同时，在怀孕早期，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉快，有助于胎儿的健康发育。如果对怀孕早期的检查和注意事项有任何疑问，应及时与医生沟通。