皮下囊肿的治疗方法需根据具体情况而定，一般较小且无症状的皮下囊肿可先观察，而较大或有症状的可能需要手术切除。比如较小的表皮样囊肿，有的可能长期无变化。
观察等待情况
如果皮下囊肿较小，直径通常在1厘米以内，且没有疼痛、红肿等不适症状，医生可能会建议观察等待。这期间要注意避免对囊肿的刺激，比如不要频繁用手去挤压它。但要定期留意囊肿的大小、形态等是否有变化，如果在观察过程中发现囊肿明显增大，或者出现疼痛、红肿等感染迹象，就需要考虑进一步治疗。
手术治疗情况
- 手术适应情况：当皮下囊肿较大，直径超过2厘米，或者影响到外观、功能，比如长在关节部位影响活动，又或者怀疑囊肿有恶变可能时，通常会采取手术切除。手术一般在局部麻醉下进行，切除后需要对切除的组织进行病理检查，以明确囊肿的性质。术后要注意保持伤口清洁干燥，避免沾水，防止感染。一般术后7 - 10天左右拆线。
- 手术注意事项：对于一些特殊部位的皮下囊肿，像颜面部的皮下囊肿，手术时除了要考虑切除囊肿，还会特别注重美容效果，尽量让伤口隐蔽，减少瘢痕形成。而对于儿童的皮下囊肿，手术时要更加谨慎，要充分评估手术风险，因为儿童的组织修复能力虽然较强，但也需要关注术后恢复情况。
其他治疗情况
- 激光治疗：部分较小的皮下囊肿可以考虑激光治疗。比如一些皮脂腺囊肿，直径在0.5 - 1.5厘米左右的，可以用激光烧灼破坏囊肿壁，使其闭合吸收。但激光治疗也有一定的局限性，对于较大的囊肿可能效果不佳，而且激光治疗后也有复发的可能。
- 穿刺抽吸：对于一些潴留性囊肿，比如因导管堵塞引起的囊肿，可以尝试穿刺抽吸的方法。用注射器将囊肿内的液体抽出，但单纯穿刺抽吸容易复发，往往需要配合其他方法，比如注射药物破坏囊壁，不过这种方法相对手术治疗应用较少。