做无痛人流可能存在一些危害，比如感染风险，有研究显示，无痛人流后发生感染的概率约为2% - 5%。如果术后护理不当，细菌容易侵入宫腔，引发子宫内膜炎、盆腔炎等。
子宫损伤方面
子宫穿孔风险： 虽然发生概率较低，但在手术操作过程中，由于医生经验不足或子宫本身情况特殊，可能出现子宫穿孔。尤其是子宫位置过度倾屈、哺乳期子宫等情况，穿孔风险相对高一些。宫腔粘连隐患： 无痛人流会对子宫内膜造成一定损伤，术后如果子宫内膜修复不好，就可能发生宫腔粘连。据统计，多次无痛人流后发生宫腔粘连的几率比单次手术要高不少，宫腔粘连可能导致月经异常、闭经甚至不孕。
麻醉相关危害
麻醉过敏风险： 无痛人流需要使用麻醉药物，少数人可能对麻醉药过敏，轻者出现皮疹、呼吸困难，严重的可能危及生命。不过现在麻醉前会进行详细的过敏史询问和评估，这种情况发生概率较低。麻醉后不适： 部分人在麻醉苏醒后可能会有头晕、恶心等不适症状，一般短时间内会缓解，但也有个别人可能持续时间稍长一些。
对生殖健康的长期影响
再次妊娠风险增加： 无痛人流后再次怀孕，发生前置胎盘、胎盘粘连等情况的风险可能升高。有过无痛人流史的女性，再次妊娠时前置胎盘的发生率比没有人流史的女性高约1倍。不孕几率提升： 频繁进行无痛人流会对生殖系统造成多次损伤，进而增加不孕的几率。有研究表明，经历过3次及以上无痛人流的女性，不孕的发生率比未人流过的女性高10倍左右。