小孩总是半夜哭闹主要源于缺乏维生素D和缺钙，也可能是消化不良或睡眠障碍性疾病所致，可通过改变生活习惯与药物治疗来改善症状。
小孩总是半夜哭闹的原因具体如下：
一、缺乏维生素D或缺钙。最为常见的原因或许是缺乏维生素D及缺钙引发的佝偻病，儿童患佝偻病早期多呈现出神经精神症状，具体表现为夜间睡眠不安稳、哭闹、多汗、易激惹等情况，孩子还可能出现枕秃、出牙延迟等症状与体征。
1.维生素D缺乏：对钙磷代谢有着重要影响，缺乏时会导致神经兴奋性改变。
2.缺钙：会影响神经系统功能，引起一系列异常表现。
二、消化不良。部分孩子是因为消化系统疾病，包括消化不良、肠绞痛所引发的腹胀、腹痛，进而导致夜间哭闹。
1.消化不良：可能由于喂养不当等原因引起。
2.肠绞痛：多为阵发性腹痛。
三、睡眠障碍性疾病。比如夜惊、梦魇，这些睡眠障碍疾病的发生原因与孩子白天经历的环境因素、应激因素以及孩子焦虑的性格有关。
1.夜惊：孩子在睡眠中突然惊醒、哭闹。
2.梦魇：常伴有恐怖内容的梦境，导致孩子惊醒哭闹。
小孩总是半夜哭闹的治疗方法如下：
一、生活习惯。可能是睡前2小时内小儿过度兴奋，因小儿大脑皮层未恢复正常水平而引起症状，应尽量让小儿在睡前2小时内保持安静状态，可以通过听音乐、听书以及家长给宝宝讲故事等方式来实现。
二、药物方面。若考虑是由维生素D缺乏或者因钙缺乏导致植物神经功能紊乱，致使小儿睡眠不实、哭闹等现象时，可给予补充维生素D以及口服钙剂，比如可以口服葡萄糖酸钙口服液或者龙牡壮骨颗粒。上述药物需在医生指导下，依据患者病情选择合适剂量、疗程服用，不可盲目自行服用。
总之，当小孩总是半夜哭闹时，要综合考虑各种可能原因，通过相关检查明确诊断后采取针对性的治疗措施，包括改善生活习惯和合理使用药物等，以改善孩子的睡眠状况。