尿里有细菌的原因包括以下方面：
一、外部细菌污染：一般来说，人体会阴部存有众多细菌，若在留置尿液标本时细菌进入尿液，就会使尿液出现细菌。
二、尿路感染：身体抵抗力下降，如人过度疲劳、体质变差、自我防御机制减弱时，易引发尿路感染，会有一定临床表现，像尿频、尿急、尿痛等，但有时因机体免疫力较强或细菌毒性较低，也可能并未表现出症状。
尿里有细菌的治疗方式如下：
1.对于无症状者，通常无需治疗，但有两种特殊情况需进行治疗，一是孕妇，因为无症状性菌尿可能导致孕妇早产；二是需要进行尿道内检查或操作的患者，由于这类操作可能带来尿路感染风险。
2.若是尿路感染，则主要是遵医嘱给予抗生素治疗，可应用喹诺酮类或头孢类抗生素。
总结：尿里有细菌的原因主要有外部细菌污染和尿路感染，治疗方法要根据具体情况而定，无症状者多数无需治疗，但孕妇和需尿道操作的患者这两种特殊情况除外，而尿路感染则主要用抗生素治疗。