乳房囊肿形成的原因较多，其中乳腺结构不良是常见因素之一，约有30% - 50%的乳房囊肿与乳腺结构不良相关。另外，内分泌紊乱也可能引发乳房囊肿，女性体内雌激素水平异常升高时，会刺激乳腺组织，导致乳腺导管扩张形成囊肿。还有外伤因素，乳房受到外力撞击等外伤情况，也可能引起乳房局部组织出血、渗出，进而形成囊肿。
乳腺结构不良导致
乳腺导管和小叶的变化： 乳腺结构不良会使乳腺导管出现扩张、迂曲，小叶组织发生增生等改变，这些变化容易促使囊肿形成。一般来说，这种情况在30 - 50岁的女性中相对更常见，因为这个年龄段女性的乳腺组织对内分泌变化较为敏感。激素水平与结构不良关联： 女性体内激素平衡失调时，乳腺结构不良的发生几率会增加，而结构不良又进一步影响乳房正常组织，为囊肿的形成创造条件。
内分泌紊乱引发
雌激素过度刺激： 当女性体内雌激素水平过高时，会过度刺激乳腺导管上皮细胞，导致导管扩张，进而形成囊肿。比如一些长期精神压力大的女性，容易出现内分泌紊乱，使得雌激素水平波动，增加乳房囊肿的发生风险。孕激素相对不足： 孕激素对雌激素有拮抗作用，如果孕激素分泌相对不足，就无法很好地对抗雌激素的刺激，也会导致乳腺组织异常变化，增加乳房囊肿形成的可能性。
外伤因素影响
外力撞击后的组织改变： 乳房受到外力撞击后，局部的乳腺组织、血管等会受到损伤，引起出血、渗出，血液和渗出液积聚在乳房组织内，就可能形成囊肿。例如运动时胸部受到碰撞，或者意外摔倒时胸部着地等情况，都可能导致乳房外伤进而引发囊肿。外伤后的恢复情况： 如果乳房外伤后没有得到及时、正确的处理，局部组织恢复不良，也会增加乳房囊肿形成的几率。所以乳房外伤后应密切观察乳房情况，如有异常及时就医。